El programa le permite subir y descargar datos o eliminar uno o más archivos, incluyendo carpetas completas junto con sus subdirectorios. La ventana de interfaz de transferencia muestra el porcentaje de archivos que ya ha sido subido o descargado. También puede reanudar y completar automáticamente las transferencias de archivos que por alguna razón hubieran sido interrumpidas, y tratar de conectarse en forma periódica con el servidor FTP si la conexión previa no tuvo éxito. Los servidores usualmente suspenden una conexión en forma automática cuando el usuario está inactivo más de un tiempo determinado. El programa incluye un comando que le permite "seguir conectado," lo que significa que se le mostrarán avisos en forma periódica para mantener la conexión. También contiene un modo pasivo de transferencia de archivos. A veces, los directorios de servidores están ocultos, lo que significa que la opción de modificación de directorio será extremadamente útil. La ventana de propiedades del servidor FTP ofrece un número de opciones muy convenientes: "Initial Directory on FTP Server". Las funciones de servicio de la aplicación incluyen arrastrar y soltar, menú emergente y de contexto, que pueden ser invocados con un clic derecho del ratón. El programa es compatible con Proxy, Firewall, Sockets 4, 4.5 y 5. Las excelentes opciones de FTP Commander Pro incluyen: sincronización de directorios local y remoto (para comparar archivos nuevos o modificados), un completo rango de claves y opciones para monitorear el control de línea de comandos, introducción manual de comandos FTP, etc. Las configuraciones de programa le permiten asignar automáticamente los parámetros de la transferencia de archivo: ASCII o binario, dependiendo de la extensión de archivo, que puede fácilmente ser ampliada. Todas las operaciones de comandos y control puede ser asignados usando el archivo de registro. La lista de sitios FTP públicos predefinida es muy útil.